衛福部去年底公告「LGBT+民眾醫療照護參考指引」，其中針對12至18歲未成年兒少，若有性別適應困難，經專業團隊評估後可執行性別手術，不過，台灣事實查核中心近日指出，該指引並非所有人都適用，而是天生擁有兩種性別特徵或性器官不明者才可執行。
衛福部去年底公告「LGBT+民眾醫療照護參考指引」，未成年雙性或性別不明的醫療手術建議原則為：
- 未滿12歲：不宜執行，除非醫療團隊評估有癌化或生理機能障礙。
- 12至未滿18歲：有適應困難者，經專業團隊評估後為之。
- 滿18歲：經專業團隊評估後可以執行。
對此，台灣事實查核中心發文表示，根據指引，醫師遇到需以醫療手術才能改善雙性或性別不明的未成年者，應以病人最適健康利益為考量，經由專業醫學、心理、社會評估，確認手術必要性，才能做手術。
而指引中針對雙性人的建議原則，並非新規定，台灣事實查核中心表示，該規定早在2018年衛福部發布「衛生福利部未成年雙性人之醫療矯正手術共同性建議原則」就有相同規範，差異僅在於移除「矯正」兩字的相關字眼。
台灣事實查核中心也針對此事採訪熟稔變性手術的昕彤診所整形外科醫師、臺灣跨性別醫學學會理事沈秉輝，沈秉輝表示，衛福部指引提及「雙性人」的醫療手術，指的是天生生理構造介於男性與女性之間的「中間性別」（intersex），過去稱為「陰陽人」，這些人因為染色體或荷爾蒙影響，出生時性器官很模糊或不知道是男是女，或同時有男生也有女生的器官，是屬於先天的生理畸形。
沈秉輝指出，早年遇到性別不明的嬰兒或兒童時，醫療團隊會協助決定性別、執行手術，但後來發現這樣不行，這些嬰幼兒的性別認知還不清楚，如果貿然手術定型，可能造成日後的困擾。
另外，金門醫院精神科主治醫師徐志雲也表示，在台灣，未成年者若沒有先天雙性或性別不明，是不能動性別手術的，他說，「性別肯認手術」（gender affirming surgery)，即「性別重置手術」或俗稱的「變性手術」，是不可逆的手術，一般國際共識是要到18歲以後才能施行，而有些國家的法定成年年齡為20歲或21歲，因此可能因為國情差異，而影響當地醫療進行手術的規範。
根據台灣性別平等教育協會的臉書貼文也指出，「衛福部允許未成年人動變性手術」的新聞標題，容易使讀者誤以為「以前未成年的跨性別者不能動變性手術，這份指引發布後，未成年跨性別者就可以動變性手術了！」但實際上，指引針對未成年人手術的部分，僅適用於出生時同時具有兩種性徵、或不具有典型的男性或女性性徵者，並不是指未成年的跨性別者。
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