行政院刪除沿用近25年的預算動支限制。8月26日,行政院修正規定,移除「已初步刪減之項目不得動支」條款,導致部分遭立院初刪的既有計畫經費,在總預算尚未完成三讀前仍可能繼續支用,等同為行政機關開啟「正大光明先斬後奏」的管道,大幅削弱立法院初刪預算的約束力,也將影響後續政府預算審查。

根據《中國時報》報導,8月26日,行政院修正規定,移除「已初步刪減之項目不得動支」條款。立法院預算中心在《116年度中央政府總預算案整體評估報告》中指出,這項限制始於民國90年扁政府時期;除履行法定義務支出外,立院審議預算時已初步刪減的項目,原則上不得動支。行政院今年則認為,委員會的刪減提案或初步決議,不屬於《預算法》第54條第2款所規範情形,因而刪除相關限制。 修規時點也受到關注。115年度總預算於8月14日完成三讀,歲出刪減480億元,媒宣費原則統刪50%、首長特別費統刪60%;行政院於其後12天取消初刪禁動支規定。

行政院8月20日院會紀錄顯示,院長卓榮泰提及,行政院「施政推展聯繫業務」原編列600多萬元,三讀後僅剩61萬元;其在前往地方勘災協調期間,已支出100多萬元,後續將另行專案辦理。卓榮泰並表示,各機關依《預算法》第54條執行的合法經費,若超過最後核定預算,應報院專案處理。
目前116年度中央政府總預算案歲出編列3兆9266億元,已交付各委員會審查。若總預算審議延宕,行政機關明年可能依據此次修正後的規定執行預算;屆時只要符合新規,便可動用計畫經費。施行近25年的相關限制遭刪除後,可能影響立法院初步刪減決議對預算動支的約束力。