因應商務經貿交流及人道因素等需求，中央流行疫情指揮中心自6月29日起，放寬外籍，除觀光、一般社會訪問以外，均得提出入境申請。另香港及澳門人士入境，基於特殊人道考量及緊急協處、商務履約、跨國企業內部調動、已取得我居留證的國人配偶、子女及商務經貿交流，含工作居留、投資居留及創新創業居留等，均得提出申請，但仍需居家檢疫14天。
疫情中心副指揮官陳宗彥表示，為確保飛航防疫安全，並降低開放外籍及港澳人士入境後發生社區疫情的風險，對於獲准入境台灣之外籍、香港及澳門人士，要求應於航空公司報到前，主動出示「表訂登機時間前3天內的COVID-19核酸檢驗陰性報告(英文版)」，並配合入境後居家檢疫14天及必要的檢疫措施。 陳宗彥提醒，所有入境旅客於啟航地向航空公司報到(check in)或登機前，均應使用手機完成「入境檢疫系統(https://hdhq.mohw.gov.tw/)」線上健康申報，以加速旅客入境通關作業及配合入境後社區防疫措施。