過往爭議全被翻出　賴惠員被指護航「波波牙醫」、論文有瑕疵

台北101董事長賈永婕昨（14）日赴立法院財委會備詢，遭民進黨立委、財委會召委賴惠員質疑服裝儀容不夠樸素，話題引發熱議。賴惠員因為一句「還要繼續再辯嗎？」遭到炎上，維基百科頁面還被加上「很愛給人下馬威」等文字。儘管賴惠員二度道歉，但她過去的爭議仍被翻出，其中討論最多的就是2022年《醫師法》修法幫「波波醫師」開後門事件，而主導修法的賴惠員就是「波媽」。

2022年5月，立法院三讀通過《醫師法》第四條之一修正案，醫師蘇一峰昨在臉書發文直指當時的修法開後門給外國學歷醫師，並貼出資料指《醫師法》七項附帶決議的提案連署人就是前衛福部長邱泰源與立委賴惠員。而賴惠員也被揭露，女兒就是在波蘭就讀牙醫系，遭外界質疑護航「波波醫師」。

2023年4月，賴惠員在臉書聲援「波波牙醫」，又再次引起本土醫學院學生及醫師批評。

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除了護航「波波」爭議，賴惠員的中正大學政治學研究所碩士論文也曾遭國民黨台北市議員徐巧芯等人指控涉嫌抄襲。2023年8月，中正大學認定賴惠員論文的引注存在瑕疵，要求限期修改補正。