疾管署6月3日宣布,針對非洲伊波拉疫情擴散風險,自5月27日起陸續啟動一系列邊境防疫措施,涵蓋疫情警示升級、入境健康管理、暫緩特定國籍居民入境,以及機場免費採檢,全面強化台灣對伊波拉病毒境外移入的防堵能量。

疾管署指出,5月27日已將剛果民主共和國及烏干達的旅遊疫情警示提升至第三級,呼籲民眾非必要避免前往上述地區。同步自同日起,凡入境前21天內曾有上述流行地區旅遊史者,入境時須主動前往檢疫站報到,並進行21天自主健康管理。
在邊境管制層面,疾管署自6月2日起暫緩核發剛果民主共和國及烏干達居民入境許可,暫緩期間為90天,以降低境外移入風險。

6月3日起,疾管署進一步針對具剛果民主共和國及烏干達旅遊史、且無症狀的本國國人及符合入境資格之旅客,於全台4處國際機場提供免費採檢服務,實施地點包含臺北松山機場、桃園機場、臺中機場及高雄機場,實施期間為6月3日至6月30日,後續將視國際疫情狀況滾動檢討。
採檢作業由檢疫官穿戴適當防護裝備,於配備HEPA設備的採檢室內採取「全血」5毫升。完成採檢後,檢疫人員將開立「入境旅客自主健康管理敬告單」,旅客須於入境後21天內依規定回報健康狀況;若出現相關症狀,應立即撥打防疫專線1922,由衛生單位協助安排就醫。