2013年將S-2T型反潛機移交空軍第439聯隊(現今第6聯隊)後,由海軍航空指揮部降編的海軍反潛航空大隊,經國防部核定於3月1日正式改編為海軍反潛航空指揮部,指揮官升格為少將編階,不過目前仍以S-70C(M)型反潛直升機作為主力機種,戰力並未隨之提升。

國防部日前核定廢止海軍技術學校組織規程、海軍技術學校編制表、海軍陸戰隊學校組織規程、海軍陸戰隊學校編制表。海軍司令部表示,海軍組織編裝是依照軍種核心戰力、組織型態、功能及各官科均衡發展等因素考量編設,原海軍技術學校校長的少將員額,已規劃轉用於海軍反潛航空指揮部的少將指揮官運用。
海軍司令部指出,海軍反潛航空指揮部主要任務是維持我國海上交通線安全與提升反潛護航能力,並提升海軍反潛航空部隊的整體訓練能量。軍方也證實,原本大隊長上校編階的海軍反潛航空大隊,已升格改編為指揮官少將編階的海軍反潛航空指揮部,目前指揮官由原大隊長蔡明達上校代理,並接任副指揮官。

海軍反潛航空大隊的前身,是1977年9月成立的海軍艦隊直升機隊,配備500MD/ASW型反潛直升機,隸屬海軍艦隊司令部。1991年7月,擴編為直升機大隊,陸續接收S-70C(M)-1/2型反潛直升機。1999年4月,再擴編為海軍航空指揮部,並接收空軍移編的S-2T型反潛機。S-2T型反潛機改回隸屬空軍後,海軍航空指揮部於2013年7月降編為海軍反潛航空大隊。
海軍反潛航空大隊原本下轄第701、702作戰隊,以及第703訓練隊、修護補給隊、基地勤務隊、海上任務支援中心等,主要配備分兩批採購的21架S-70C(M)-1/2型反潛直升機,服役已超過40年;至於服役近50年的500MD/ASW型反潛直升機,則僅能擔任飛行訓練任務。

雖然海軍反潛航空大隊正式升格為海軍反潛航空指揮部,不過目前戰力並未提升,同時現役的S-70C(M)-1/2型反潛直升機,雖然海軍規劃性能提升,但仍不足以因應未來的空中反潛作戰。
海軍原本規劃採購美軍現役的MH-60R型反潛直升機,但因價格高昂、美方反對等因素,至今沒有結果。未來有賴國防部、海軍向美國積極爭取採購新型反潛直升機,才能真正發揮海軍反潛航空指揮部的戰力。