邱泰源日前爆總統賴清德為醫院淨零減碳一事，打電話罵環境部長彭啟明，引發軒然大波，事後邱為此致歉，稱自己用詞不當。對此，張惇涵接受專訪還原情況，澄清賴清德並沒有罵人，「在我來看，這是民進黨執政團隊一直以來的文化，私底下互動很好，這是很自然」。
總統府副秘書長張惇涵2日接受網路節目「齊有此理」專訪，被問總統賴清德是是否真的有罵環境部長彭啟明？張惇涵說，賴清德私下講話的語氣是很平淡，也沒有很激動，至於賴清德有無打電話罵彭啟明，就他的了解彭啟明上任之後，去看了很多垃圾處理的方式，並對要宣稱要解決垃圾山的問題，那賴清德的確有打電話給彭，跟彭說這個問題很重要沒錯，但是當一個環境部長，要面臨的事情很多，總統可能是提醒彭啟明不要把事情陷在垃圾山裡面，倒也是不罵人。
對於媒體披露賴清德和衛福部長邱泰源後來互動很冷，張惇涵直言，就上禮拜全社會委員會，邱泰源也是委員有來參加，就他看來和賴清德互動並沒有問題。針對賴清德是否常直接打電話給閣員，張惇涵坦言，他不是很清楚總統有沒有常打電話給閣員，但這也不奇怪，因過去幾年前總統蔡英文也常打電話給閣員，問清楚實際狀況、引發的社會爭議如何處理、有沒有需要找部會首長或跨部會討論，「在我來看，我認為這是民進黨執政團隊一直以來的文化，大家其實私底下互動很好，隨時電話講，這是很自然」。
張惇涵更指出，如果總統不認識或是找不到閣員，對閣員做事都沒意見、沒勉勵、沒期勉，這才不是國家之福。而過去蔡英文會跟閣員開會吃飯，賴清德上任後，對閣員就是「尊重授權」。
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