一名58歲女性因長期使用抗生素，導致慢性腹瀉及間歇性糞便帶血，每天拉10次以上，起初被當成腸躁症合併痔瘡出血，最後才確認是困難梭菌感染導致偽膜性腸炎，在接受大腸鏡植入微菌治療後恢復正常。
林口長庚紀念醫院微菌治療中心及發炎性腸道疾病中心主任李柏賢副教授表示，因西化飲食、食品添加劑及環境等因素，發炎性腸病在台灣的盛行率上升6倍，其中包含克隆氏症及潰瘍性結腸炎。病患由於腸道黏膜長時間發炎破損，困難梭菌感染在克隆氏症及潰瘍性結腸炎的發生率，超過正常人的2.4倍及8.3倍。
李柏賢提到，復發性或頑固性困難梭菌感染，臨床症狀包含無症狀帶菌、腹脹、腹瀉、腹痛、便血、發燒、偽膜性腸炎等，讓患者毫無生活品質可言，嚴重者還可能併發體液及電解質失衡、毒性巨結腸症、腸穿孔、甚至死亡。染病的風險因子則包括使用抗生素或制酸劑、發炎性腸道疾病、癌症或器官移植術後等。
衛福部自2018年9月6日施行特管辦法後，許多醫院紛紛投入微菌治療。李柏賢指出，微菌治療就是將健康的腸道菌移植至病患的腸道，改變腸道菌相。許多研究證實，病人腸道微生態嚴重失衡現象經微菌叢植入後，嚴重腹瀉等症狀可立即獲得改善且逐日康復。
長庚醫療體系微菌治療中心為跨院區、跨科別的功能性中心，從2019年初始至今，已成功完成218例微菌叢治療，患者年齡範圍涵蓋3歲至99歲，治療成功率接近九成，且三個月內復發率明顯低於抗生素治療。進一步分析，所有案例中約30%為發炎性腸道疾病患者，在通過微菌叢治療後，不僅有效清除細菌，還能控制腸道的炎症反應，其單次治療成功率不亞於非發炎性腸道疾病患者。
李柏賢說明，微菌治療使用大腸鏡植入，有如一般大腸鏡流程，植入後側躺30分鐘就可以回家正常飲食生活。為了相關治療需求，長庚醫院有微菌銀行機制，以鄰近大學生等健康年輕人為募集糞便捐贈主力，其中也有發現部分超級捐贈者，這樣捐贈者糞便中的健康腸道菌對多名患者都有用。
糞便捐贈需要經過嚴格篩選。李柏賢提到，為了患者的安全性、有效性，必須先以問卷了解捐贈者身體狀況，初步有5大條件：
- 不能有癌症或者遺傳性疾病家族史。例如肺癌、大腸癌等家族史，本身有早發性糖尿病、自體免疫疾病或者已經確診慢性病也不適合。
- 不能有抽菸、喝酒、吃檳榔等不良習慣。
- 3個月內不能使用藥物、保健食品。例如益生菌、抗生素，連感冒藥也不行。
- 身體質量指數（BMI）要在正常範圍內。因為糞菌移植可能會影響受贈者的體重狀態，所以捐贈者不能太胖或者太瘦。
- 近期沒有出國史。這是因為出國旅遊時的飲食接觸等，會使本身腸道菌相狀態改變，所以要等返國一段時間之後才合適評估捐贈。
問卷調查合適者，後續再進行抽血與糞便進行逾50項的檢驗，包含比對菌種、菌相分析等。李柏賢說，這就有如免費的健康檢查，結果約一周可以出爐，一旦檢驗出疾病或者感染等情況，隨即會通知並且協助治療，而確認沒有問題者，後續兩周的時間就可以隨時來捐贈糞便。
不過也不是所有的糞便都可以收。李柏賢指出，要作為微菌治療使用的糞便，必須要像是剝完的香蕉，是完整的條狀才可以，如果水水的不成形狀或者太硬一顆一顆，都無法使用。也因為微菌都是活菌，不適合冰存太久，通常都是捐贈、處理後立刻使用最佳，但長庚微菌銀行也有保存約10~20份庫存，會限期在3個月內用掉。
李柏賢強調，微菌治療在現代醫學佔有重要地位，並為未來的醫療發展帶來了希望的曙光。不過仍呼籲民眾，日常應均衡飲食，避免高油、高糖等西化飲食，才能讓腸內養好菌，不會吃出一身病來。
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