馬英九文教基金會發布聲明表示,國民黨副主席蕭旭岑、馬英九辦公室前執行長王光慈均已離職,兩人言論及行為均不能代表馬英九立場,引發討論。對此,蕭旭岑表示因為黨務繁重,且希望協助國民黨處理兩岸事務,離開本來就是很自然的事情。

蕭旭岑今天接受廣播節目《飛碟晚餐》訪問時表示,自己已經離開馬英九基金會了,一切以馬英九基金會的說明為主,他也尊重馬英九基金會未來的任何的處理。他從去年11月開始擔任國民黨副主席,黨務工作很繁重,原本就想免兼馬英九基金會的職務,且國民黨主席鄭麗文也希望他能夠多協助兩岸事務,「所以我離開馬英九基金會,本來就是很自然的一件事情」。
蕭旭岑指出,馬英九對他恩重如山,「我永遠感念他,也永遠會支持他」,雖然離開馬英九基金會,關於馬前總統的理念、兩岸和平,在九二共識、反對台獨的基礎上,繼續推動兩岸交流的工作,他不論在國民黨或任何一個崗位都會繼續做。他重申,自己擔任國民黨副主席,本來就應該離開馬英九基金會,且當馬前總統認為他不需要在馬英九基金會繼續協助的時候,當然就會選擇離開,
對於外界揣測,馬英九因兩岸路線分歧想與鄭麗文切割,蕭旭岑說,不論是馬英九或鄭麗文,他們都是根據國民黨的黨章政綱推動相關政策。不論兩岸政策或者其他的政策,國民黨的黨章和政綱很清楚,我們是在九二共識、反對台獨的基礎上進行兩岸交流,不論誰擔任黨主席,都是依據國民黨的政策在執行,「所以我覺得不可能有所謂的馬英九切割鄭麗文。」而且,農曆年前,他和國民黨副主席張榮恭才陪同鄭麗文會見了馬英九,所以這些說法過於武斷,且流於臆測,相信這不會去真的影響到國民黨內部對兩岸的看法。

蕭旭岑指出,他聽到很多不同版本的故事,但多少都會有重複和矛盾,「任何一個版本我都不會回應,也不該回應。」他強調,「我蕭旭岑是什麼樣的人,我相信我的同行,我個朋友,或者是跟我交往過的,不管是兩岸的各種各樣的人,都知道我是什麼樣的人。我也不需要在這邊特別去說明什麼。」