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2022年5月，海巡署補給船路過澎湖南方四島國家公園時，發現有潛水客在附近海域漂流，立即將人救起，卻意外在潛水客的網袋內發現非法捕撈的龍蝦與螃蟹，更進一步發現潛水客所乘坐的遊艇是澎湖科技大學所有的「海洋2號」，澎科大海洋遊憩系前系主任陳正國也因遭聲押禁見。事發後，澎科大海洋遊憩系現任黃姓系主任對外表示，澎科大對於遊艇的使用狀況並不清楚，如今卻被爆料指出，他從頭到尾都知情竟能全身而退，甚至甩鍋給前系主任。
黃姓系主任表示，該遊艇為澎科大與PIDC國際潛水中心產學合作，目前由業者負責管理船隻，當天校方並不清楚業者的使用情形，如調查後確認有違法捕撈等情事，校方將從新審視雙方的合作關係。但知情人士透露，事件曝光後，黃姓系主任不但火速向業者收取遊艇費用，隨後又取消與業者間的產學合作，讓業者白白負擔近30萬元的遊艇船隻修繕費用，案情並不單純。
對此，澎湖縣調查站也認為其中有弊端，報請地檢署指揮偵辦，由檢察官吳巡龍指揮偵辦，於2022年8月17日兵分多路，於6處地點帶回被告3人與證人4人訊問，認定澎科大海洋遊憩系前系主任陳正國涉犯偽造文書、詐欺取財、背信與政府採購法，但有知情人士出面指控，此案件至今已2年餘，卻未見任何司法程序進行中。
該名知情人士表示，黃姓系主任明知校方與潛水業者間的產學合作合約已到期，2022年3月1日系務會議上才剛重簽與業者的產學合作新約，相關流程明明還在跑，但黃姓系主任卻在同年4月3日傳訊向業者表示，「契約在跑流程…但因為已經經過系務會議討論，會議紀錄也經過院、校審核，『所以船你們可以先依契約使用』，雙方正式用印的程序春假後再補追即可。」
同年5月7日，海洋2號事件爆發，黃姓系主任疑似為撇清責任，要業者結算4、5月份共9.6萬元的航次費用，並火速終止產學合作合約，而當初造價約600萬元的「海洋2號」則從事件爆發後閒置至今。
對此，知情人士不滿表示，黃姓系主任在新的產學合作契約尚未生效前，就同意業者出船使用遊艇，4月份共計使用17次，每趟費用約為5000元，但根據澎科大海洋遊憩系設施與器材租借收費標準，在契約尚未生效之前營利團體、機構所使用，每日應收之費用應為2.5萬元，業者卻僅繳交5000元，質疑黃姓系主任才是真正「背信」之人。
針對海洋2號所惹出的相關爭議，澎科大回應坦承，黃姓系主任僅透過通訊軟體承諾業者可以繼續使用船隻，確實有精進空間，後續針對校內產學合作也將持續內控，避免類似情形再度發生。（CTWANT）
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